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title: "Exemplo: Experimento em DBC com dados Mistos"
author: "Alcinei Mistico Azevedo (ICA-UFMG)"
date: "`r Sys.Date()`"
output: rmarkdown::html_vignette
fig_caption: no
vignette: >
  %\VignetteIndexEntry{Exemplo: Experimento em DBC com dados Mistos}
  %\VignetteEngine{knitr::rmarkdown}
  %\VignetteEncoding{UTF-8}
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```{r, include = FALSE}
knitr::opts_chunk$set(
  collapse = TRUE,
  comment = "#>"
)
```

# Ativando o pacote
Após a instalação do pacote é preciso ativa-lo. Para isso, deve-se utilizar a função `library` ou `require`

```{r}
library(MultivariateAnalysis)
```
# Abrindo o conjunto de dados
Posteriormente, deve-se carregar no R o conjunto de dados a serem analizados. Isso pode ser feito de diferentes formas.

Uma possibilidade é utilizando a função `read.table`. Neste exemplo vamos trabalhar com o banco de dados do pacote, o qual pode ser carregado com a função `data`.

```{r}
data("Dados.DBC.Misto")
head(Dados.DBC.Misto)
```
# Analise de variancia Multivariada
Quando se quer saber se há diferença entre os "Tratamentos" do ponto de vista multivariado, pode-se fazer a analise de variância multivariada. Para isso, deve-se utilizar a função `MANOVA`. Dessa função deve-se considerar o delineamento desejado no argumento `Modelo`:

1 = Delineamento inteiramente casualizado (DIC)

2 = Delineamento em blocos casualizados (DBC)

3 = Delineamento em quadrado latino (DQL)

4 = Esquema fatorial em DIC

5 = Esquema fatorial em DBC

```{r}
Res=MANOVA(Dados.DBC.Misto[,1:5],Modelo=2)
Res
```

# Obtenção de medidas de dissimilaridade
Muitas são as opções que este pacote oferece de medidas de dissimilaridade. Convidamos os usuários a ler o manual da funcao `Distancia` (`?Distancia`).

Para se ter diferentes medidas de dissimilaridade basta colocar o respectivo numero no argumento `Metodo` dentro da função `Distancia`:

## Dissimilaridade para os dados quantitativos:

1 = Distancia euclidiana.

2= Distancia euclidiana media.

3 = Quadrado da distancia euclidiana media.

4 = Distancia euclidiana padronizada.

5 = Distancia euclidiana padronizada media.

6 = Quadrado da distancia euclidiana padronizada media.

7 = Distancia de Mahalanobis.

8 = Distancia de Cole Rodgers.


```{r}
DadosMed=Res$Med
DistMaha=Distancia(DadosMed,Metodo = 7,Cov = Res$CovarianciaResidual)

```
Informações importantes podem ser obtidas dessa matriz com a função `SummaryDistancia`:
```{r}
resumo=SummaryDistancia(DistMaha)
resumo
```


## Dissimilaridade para os dados qualitativos:

#### Opções de medidas para dados qualitativos

Dados qualitativos: binarios ou multicategoricos

9 = Frequencia de coincidencia.

10 = Frequencia de discordancia.

11 = indice Inverso de 1+coincidencia = 1/(1+c)

```{r}
Dadosquali=Dados.DBC.Misto[,6:11]

#Excluindo os valores NA
id=is.na(Dadosquali$CorFolha)==FALSE
Dadosquali2=Dadosquali[id,]
#Colocando o nome dos tratamentos na matriz
rownames(Dadosquali2)=Dados.DBC.Misto[id,1]


Distquali=Distancia(Dadosquali2,Metodo = 10)

```





## Obtendo a média ponderada das matrizes de dissimilaridade

```{r}

#Criando list com as matrizes
dissimilaridades=list(DistMaha,Distquali)
n=c(ncol(DadosMed),ncol(Dadosquali2))
#Calculando a media ponderada
DistMisto=MediaDistancia(dissimilaridades,n)
DistMisto

```

# Obtendo Dendrograma para as 3 medidas de dissimilaridade

A fim de resumir as informações da matriz de dissimilaridade a fim de melhorar a visualização da dissimilaridade, pode-se fazer um Dendrograma com o auxilio da função `Dendrograma`. Varios algoritimos podem ser utilizados para a construção deste Dendrograma. Para isso, deve-se indicar no argumento `Metodo`:

1 = Ligacao simples (Metodo do vizinho mais proximo).

2 = Ligacao completa (Metodo do vizinho distante).

3 = Ligacao media entre grupo (UPGMA).

4 = Metodo de Ward.

5 = Metodo de ward (d2).

6= Metodo da mediana (WPGMC).

7= Metodo do centroide (UPGMC).

8 = Metodo mcquitty (WPGMA).


```{r}
#Dendrograma com o metodo UPGMA
Dendrograma(DistMaha,Metodo=3,Titulo="Dados quantiativos")
```

```{r}
Dendrograma(Distquali,Metodo=3, Titulo="Dados qualitativos")
```

```{r}
Dendrograma(DistMisto,Metodo=3,Titulo= "Qualitativos + Quantiativos")
```
Adcionalmente, pode-se fazer o agrupamento Tocher com o auxilio da função `Tocher`:
```{r}
Tocher(DistMisto)
```

# Estimativas de correção entre as medidas de dissimilaridade
```{r}
CorrelacaoMantel(DistMaha,DistMisto)
```

```{r}
CorrelacaoMantel(DistMaha,Distquali)
```

```{r}
CorrelacaoMantel(Distquali,DistMisto)
```
